Bei wiederholten diagnostischen und therapeutischen Endoskopien können Erreger nosokomialer Infektionen durch das Endoskop eingebracht werden, wenn sich nach dessen Einsatz keine sichere Aufbereitung anschließt. Aber auch ordnungsgemäß aufbereitete Endoskope können über das Personal, die Umgebung oder vom Patienten kontaminiert und zu einer Kontaminationsquelle werden. Grundsätzlich gilt auch für die Hygiene in der Endoskopie, dass die Grundsätze der Basishygiene eingehalten werden sollen.
Nach der KRINKO-BfArM-Empfehlung (2012) ist für Endoskope sowohl die maschinelle als auch die manuelle Aufbereitung grundsätzlich denkbar. Im Hinblick auf den geringeren Zeit- und Personalaufwand und insbesondere wegen der einfacheren Standardisierung ist der maschinellen Aufbereitung der Vorzug zu geben.
Bezogen auf die Dokumentation hat die maschinelle Aufbereitung einen klaren Vorteil: Während die Validierung der maschinellen Aufbereitung oft vom Hersteller durchgeführt wird, muss die Validierung einer manuellen Aufbereitung mit jedem Teilschritt vom Anwender selbst oder im Auftrag von ihm vorgenommen werden.
Schon im Jahr 2002 wurde die Wichtigkeit umfangreichen Qualitätsmanagements bei der Aufbereitung von Endoskopen erkannt und diskutiert. Das Ergebnis: Grundsätzlich kann ein gut umgesetztes Qualitätsmanagement Infektionsausbrüche reduzieren. Dies wird von einer 2018 erschienenen Studie, die im Jahr 2015 und 2016 in Tirol durchgeführt wurde, unterstützt: Die Autoren vermuten, dass sich die niedrige Kontamination der getesteten Endoskope auf die hohe Qualität der Aufbereitung zurückführen lässt.
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